Сюжет «Трансформеры: Битва за Кибертрон» раскроет истинные причины начала гражданской войны на Кибертроне – родной планеты боевых роботов. Участники конфликта хорошо знакомы – автоботы и десептиконы. Для каждой стороны приготовлена соответствующая кампания (проходить которые можно как в одиночку, так и в кооперативе), в которой игрок защитит или же завоюет планету.