Главной отличительной чертой Hydrophobia является до неприличия реалистичная (как на вид, так и по поведению) вода, создание которой стало возможным благодаря доморощенному движку HydroEngine. Собственно, данной полезной субстанции и будет уделено ключевое внимание в игре: по сюжету нам придется оказаться на тонущем корабле титанических размеров. И чтобы выяснить, почему лодочка дала течь, где враги, кто виноват и прочие интригующие детали сюжета, ясное дело, придется выживать.