Блокирует:
developer 1
rate
bottomcolor
motdfile

Итак, команда alias заблокирована. Как мне самому прописать алиас?
Она не совсем заблокирована!
Просто пропатчена память и она называется по-другому: 1lias
alias -> 1lias
setinfo -> 1etinfo
writecfg -> 1ritecfg
motd_write -> 1otd_write

Установка программы:
Просто распакуйте архив в папку с hl.exe и запустите CS, в консоле появится сообщение - значит всё работает.

Как антивирусы реагируют на эту программу:
В файлах нет ничего плохого. В реестр и дальше папки с CS он не лезет.
Можете спокойно добавлять его в доверенную зону антивирусов.
Как вариант можете отправить протектор вашему антивирусу с пометкой ложное срабатывание.