На все страницы, в любое место ставим это:

<?if($USER_LOGGED_IN$)?><?if($IS_NEW_PM$)?>
<script type="text/javascript">
window.onload=function(){new _uWnd('npm', 'Новое сообщение', 230, 150,{align:'justify',min:0,max:0,modal:1,icon:'http://www.pro86.3dn.ru/design/mail-message-new.png'},'У вас новое личное сообщение. Для того ,что бы прочесть нажмите <a href="$PM_URL$" >тут</a> .');}
</script>
<?endif?><?endif?>